Все особо важные объекты, такие как мосты и тоннели оборудованы системой видеонаблюдения и постами вооруженной охраны. Сами поезда проверяются перед выходом в рейс и неоднократно по пути следования. За безопасностью в них следят сотрудники транспортной милиции и контролеры-ревизоры. Как подчеркнул заместитель начальника Красноярской железной дороги по безопасности Николай Коломыцкий, милиционерам должны помогать и пассажиры: при обнаружении подозрительного предмета нужно передать информацию машинисту, проводникам, или сотрудникам милиции, сопровождающим поезд.